据说基拉祈只有一千年才会醒来一次，吸收千年彗星的力量，反哺给大地，从而使得法恩斯成为欣欣向荣的圣地。但就在这次苏醒前夕，魔术师巴特勒与他的女友兼助手黛安，将包裹基拉祈的结晶发掘并从法恩斯带走。　　为了观看千年彗星出现的那一瞬间，小智一行人前往将举办千年彗星庆典的游乐场。当他们跑到指南上所描述的地

　　在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神

　　持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ロー

　　这部以新奥地区为舞台的特别篇，除了小智和小豪之外，以小光为首的令人怀念的伙伴们出场，策划着神秘计划的银河队、被称为神的宝可梦·阿尔宙斯也即将登场。

　　在古老的传说中，长有洁白羽翼的公主被禁锢在房间之中，希冀这外面的世界。某日，一位神秘的少年出现在了公主的面前，成为了公主唯一的朋友。透过少年之口，公主得以知道大千世界里发生的种种。然而，当公主和少年相爱之时，曾经的诅咒应验了。　　神尾观铃（川上伦子 配音）自小体弱多病，孱弱的身体令她无法去学校上

　　

　　特别编“AIR in Summer”于2005年8月28日和9月4日于BS-i放映。 AIR “Summer”编的故事在2005年1月6日的版本中已经包含，“Summer”编动画故事内容长度比游戏的故事短了很多，其中多半是被删减或压缩。由于播出时大受欢迎，而决定推出特别编“AIR in Summ

　　在遥远的地方，有一个洋溢着各式各样的童话故事、可爱和快乐的国家“童话国度”（Märchen Land）。然而，恶之皇帝皮耶罗（Piero）把“童话国度”的女王彻底封印。精灵糖糖（Candy）随即前往地球，寻找传说中的战士“光之美少女”。　　转学生星空幸接获一本从天而降的绘本，里头的精灵糖糖竟然实